李俊马接受联合基因组研究所奖真菌研究

美国农业部农业研究服务的国家中心农业利用合作
李俊马
李俊马

阿默斯特,质量。 - 李教授俊马,生物化学与分子生物学,已经获得的支持来自美国能源的联合基因组研究所(JGI)社会科学项目(CSP)的部门进行深入研究一组土壤真菌, 镰刀菌,因为它们毁坏庄稼是经济上很重要 - 不仅是食物,但生物燃料原料。这是首席研究员马和联合首席研究员罗伯特·普罗克特,美国农业部农业研究服务的国家中心农业利用研究微生物学家之间的合作项目。

马说,两人的排名前10位的植物病原体是在 枯萎 家庭的基础上,由多分子植物病理学家排名。对于这些新的调查,她将与伊戈尔·格里戈里耶夫和他的团队在联合基因组研究所和协作 劳伦斯伯克利国家实验室。其他合作者包括进化生物学家戴维·格泽, 宾夕法尼亚州立大学的镰刀菌研究中心主任;克里奥唐奈,在分类学和生物多样性专家 枯萎; 和达人棕色,谁拥有超过20年的经验, 枯萎 研究。

她说的荣誉和机会,“这是一个令人兴奋的项目。我对这个奖项荣幸,我总是喜欢从JGI研究界的一致和可靠的支持。”

在JGI CSP程序提供了科学界获得高吞吐量,高品质的测序,DNA合成,代谢组学和分析能力,他们可能无法以其他方式访问。对于这个项目,JGI将分配技术基础设施的支持,如通过下一代,长读取DNA和RNA测序技术表征124个真菌样本,根据该研究所。

美国能源部还指出,“因为它们与植物协会, 枯萎 物种(镰刀菌),可以深刻影响“生物能源的生产和全球“碳循环”。属伟大的遗传多样性也体现在它们的基因组,并有了解的动态了极大的兴趣 枯萎 基因组及其对寄主植物相互作用的影响“。

该资助项目有两个主要组成部分。一个是产生跨越属中的分集50高质量基因组组件。 “我很高兴的是,项目范围涵盖整个属。”此外,科学家们还将探索基因组动力学对功能影响 枯萎通过调查确定的96个转录因子相互作用 - 植物 枯萎病 使用DNA亲和纯化测序(DAP-SEQ)和三个精心挑选的样品的单细胞RNA测序。 “我能有机会来解决使用功能数据探测主机真菌相互作用的一些知识差距兴奋,”马说。

这个项目是设在马萨诸塞州的实验室开发出一种系统,使交互之间的夹层上 枯萎 和有害的,慈善的方式植物。毫安解释这项工作的另一面将涉及分离各个植物细胞和测序单独的每个小区,这是一个尖端,内容丰富的技术不容易在非人类的生物学研究中使用。通过网络分析,研究人员将能够“捕捉到行动”的时间和空间真菌植物相互作用和特征模式。这项研究的目标之一是寻求途径进行干预,以防止植物的死亡,特别是防止植物为基础的生物燃料原料的损失。